Националната кардиологична болница е основана през 1961-1962 г. Основната мисия на болницата, от създаването й до днес, е да развива кардиологичната наука и практика в България в едно с формирането на кадри в три големи области на медицината: кардиология за възрастни и деца, сърдечна и съдова хирургия.
Етапите в развитието на болницата отразяват основните етапи от реорганизацията на здравната система в България.
- 1962 г. – В III градска болница се базират няколко катедри на ИСУЛ* – по сърдечно-съдови заболявания, по сърдечно-съдова хирургия и анестезиология, клинично отделение на катедрата по детски болести и други по-малки структури. Това е първообразът на сегашната НКБ.
- 1963 г. – Извършена е първата операция на предсърден дефект от доц. Чавдар Драгойчев с гл. ас. Лада Маринова.
- 1972 г. – В рамките на Медицинска академия** тези структури заедно с други звена от ВМИ-София (група по изучаване на артериалната хипертония и някои лаборатории) се обединяват в Научен институт по сърдечно-съдови заболявания (НИССЗ).
- 1981 г. – Извършено е първото комбинирано хирургично лечение на клапни пороци и ИБС – в една операция заменяне на аортна клапа и поставяне на аортно-коронарен байпас от проф. Чавдар Драгойчев
- 1986 г. – Чрез нова интеграция в рамките на Медицинска академия на всички структури работещи в областта на кардиологията, сърдечната и съдова хирургия (НИССЗ, клиниката по сърдечна хирургия към катедрата по хирургия при ВМИ, клиниката по кардиология към катедрата по вътрешни болести и някои други звена от ВМИ – София) се основава Националният център по сърдечно-съдови заболявания (НЦССЗ).
- 1996 г. – Към НЦССЗ се присъединява Националния център по кардиологична рехабилитация в Банкя и се създава Националният център по сърдечно-съдови заболявания и рехабилитация (НЦССЗР).
- 2000 г. – НЦССЗР е преобразуван в Специализирана болница за активно лечение на сърдечно-съдови заболявания (СБАЛССЗ) – ЕАД.
- 2010 г. – СБАЛССЗ ЕАД се пререгистрира като МБАЛ Национална кардиологична болница ЕАД (МБАЛ НКБ ЕАД).
- 2016 г. Ремонтиране и обновяване на оборудването на Клиниката по педиатрия.